El haber estado al frente de las más importantes orquestas del País, y de distintas orquestas en América y Europa, han hecho del Maestro Flores un Director reconocido, primero por los músicos de las orquestas que ha dirigido, y luego, por la crítica que de los conciertos se ha hecho en las ciudades visitadas.

Su incansable actividad en beneficio de la cultura musical en las comunidades de las ciudades en que ha sido Director de la orquesta en turno, le ha valido ser objeto de diversos reconocimientos en los ámbitos Gubernamentales, Municipales, Universitarios y de la Sociedad Civil, tales como: “Premio Jalisco” en Artes. Socio de número de “La Benemérita Sociedad de Geografía y Estadística del Estado de Jalisco”. “Egresado Ilustre de La Universidad de Guadalajara”. “Hijo predilecto de Arandas”. Presea, “Francisco Medina Ascencio”, en su cuarta edición. “Músico del Año” en  2003 en Querétaro, y el máximo galardón “Lince de Oro” que la UVM le ha otorgado por su destacada trayectoria  como precursor de la cultura, en el arte de la música. 

 Sus amplios y profundos estudios relacionados con la música de cámara, la dirección de coros y orquesta lo llevaron a incursionar en el campo de la Opera, dirigiendo, Traviata, Tosca, Carmen, Don Giovanni, Fausto, La Bohéme, Don Pasquale y muchísimos títulos más, dando una clara idea de que el Maestro Flores ha realizado una carrera rotunda en lo relacionado con la dirección orquestal.

Desde 1998 está al frente de la Filarmónica del Estado de Querétaro, con la que sigue impulsando y difundiendo la música mexicana, teniendo en su haber un buen número de CD’s donde los mexicanos, Moncayo, Revueltas, Galindo, Ponce, Carrillo, Halffter, Jiménez Mabarak,  Curiel, Oliva, F. Vásquez, Ibarra y Bernal Jiménez, entre otros.

Recientemente, y con motivo del 250 aniversario de Mozart, grabó un CD haciéndose acompañar con los solistas principales de la propia Filarmónica de Querétaro, con el Concierto para Clarinete, Rondo para Violín, Concierto para Fagot y de Leopold Mozart el Concierto para Trompeta, grabando además otro disco con obras de Dvorak, con el Concierto para Cello y tres Danzas Eslavas.

Su capacidad artística lo hace idóneo para el estreno mundial de partituras de música contemporánea, al lado de las grandes sinfonías y obras corales del repertorio tradicional estando muy presentes: Mozart, Beethoven, Ravel, Rachmaninoff, Mahler y Richard Strauss entre sus preferidos.

El Maestro José Guadalupe Flores originario de Arandas, Jalisco deja siempre en cada una de sus presentaciones la grata e imborrable impresión de que se ha estado ante la presencia de un artista, de un músico no fácil de encontrar en nuestras salas de conciertos.