Se funda en la ciudad de Guanajuato como Filarmónica del Bajío. En 1992, Querétaro le abre sus puertas instalándose en la ciudad capital, bajo la dirección del maestro Sergio Cárdenas quien concluye su ciclo hacia 1997, siendo relevado temporalmente por el director de orquesta Jesús Medina,  que con su basta experiencia, enriquece la calidad de la institución.

De 1998 a la fecha, la Orquesta Filarmónica del Estado de Querétaro ha sido dirigida por el maestro José Guadalupe Flores Almaraz, bajo su titularidad se han hecho importantes modificaciones laborales y financieras, concretadas a través de un Fideicomiso que da certeza a los recursos proporcionados por el gobierno estatal, sin cuya sensibilidad política hacia el mejoramiento sustantivo de la población, a través de la educación y la cultura, fuera imposible continuar con la tarea de difundir la música selecta en el Estado y en la región, como se ha hecho en los estados de: Zacatecas, Oaxaca, Puebla, Sinaloa, Tamaulipas, Guanajuato y participando en los últimos años en el Festival de Orquestas Sinfónicas en el Palacio de Bellas Artes de la Ciudad de México y en el Internacional Festival Cervantino. Con especial empeño se han recorrido todos los municipios del estado conservando la tradición de presentarse en la Sierra Gorda. En octubre del 2007 la Orquesta fue distinguida al participar en la Ceremonia del Nombramiento de las Misiones de la Sierra Gorda como “Patrimonio Cultural de la Humanidad” hecho por la UNESCO.

Para los estudiantes de educación básica se han generado diversas modalidades de conciertos didácticos, mediante los cuales se han cubierto en varias ocasiones la totalidad de las escuelas del municipio del centro, los conurbados y algunos de zonas indígenas. También los estudiantes de educación media y superior han sido iniciados en la disciplina cultural de la música clásica, apoyados por la iniciativa de sus autoridades educativas.

Al material discográfico de la Orquesta, se han sumado entre CD’s y DVD’s diez y siete  grabaciones: de los cuales tres CD’s y un DVD fueron grabados conjuntamente con el Mariachi Vargas de Tecalitlán; uno con el organista Víctor Urbán cuyo impulso renovó el Órgano Barroco del Templo de San Antonio; otro con el violinista argentino Jorge Ricci tocando el violín ganador de la II Bienal Internacional de la Escuela de Laudería de Querétaro; otro con el pianista Arturo Nieto interpretando Tres Conciertos de Piano de Compositores Mexicanos; el octavo contiene la grabación en vivo de la Novena Sinfonía de Beethoven y en DVD se cuenta con la presentación de la Filarmónica de Querétaro en el Palacio de Bellas Artes en 2005 y la presentación del Ballet Cascanueces con el Ballet de la Universidad .Autónoma de Querétaro; también se cuentan los grabados con el coro Voces Queretanas y el barítono Carlos Sánchez Velasco; otro de Arias Famosas de Ópera con el tenor Flavio Becerra y dos más de Música Mexicana que incluye a grandes autores como Agustín Lara, Gonzalo Curiel, José P. Moncayo, Blas Galindo y Manuel Enríquez con arreglos de Mateo Oliva y Manuel Cerda; entre los más recientes se encuentran dos discos de homenaje, uno a Dvorak y otro a Mozart en su 250 aniversario y un tercero de música veracruzana con el grupo Tlen Huicani .

Especialmente para los niños fue realizado un video didáctico denominado Aventura Musical.

La Filarmónica de Querétaro, como una de las mejores en el país, ha hospedado a artistas e instituciones de renombre tales como: los tenores José Carreras, Fernando de la Mora y Raúl Hernández, las cantantes Lola Beltrán y Eugenia León, Alberto Cortés, el Ballet Nacional de Guillermina Bravo y su puesta en escena de Carmina Burana, Las cuatro estaciones de Vivaldi, la suite El Pájaro de Fuego y Petruska y con el apoyo del Instituto Nacional de Bellas Artes con las Óperas Tosca y la Traviata en reciente presentación con los Mtros. Violeta Dávalos y Jesús Suaste.

En este renglón, se han abierto espacios para los nuevos valores artísticos a través de programas denominados como “Los Jóvenes en la Música” y “Nuestros Solistas”.
A los  egresados de la Facultad de Bellas Artes de la UAQ, les ha brindado la oportunidad de presentarse como solistas con el respaldo de la misma Orquesta, tanto en  ballet clásico con la puesta en escena del tradicional “Cascanueces” y el “Lago de los Cisnes”;  además de otros grupos de danza clásica y contemporánea, entre otros: Ballet “México Folklórico”, “Grosso Modo”, “Las Pléyades”, “Contemporáneo Pro Art” y el Taller Coreográfico de la UNAM; así como para los coros de adultos y niños de la Universidad Autónoma de Querétaro, del centenario Conservatorio J. Guadalupe Velázquez, del Municipal Voces Queretanas, del Conservatorio de Celaya y otros alentados por instituciones educativas como parte de su formación musical, como la Secundaria Federal No. 1, la UTEQ y el Colegio Celta.

Bajo la batuta del Maestro. Flores se ha dado gran impulso a la música clásica, a la folclórica y a la  contemporánea, teniendo diversos conciertos en cada uno de sus temporadas, de los más relevantes encontramos: “Beatles Sinfónico”, “Queen”, Temas de Películas, concierto con el grupo de rock “El Tri” y conciertos de música mexicana con el Mariachi Vargas de Tecalitlán, la Marimba Nandayapan y el grupo de música veracruzana Tlen Huicani.
Además de grandes estrenos mundiales  de la música de los Maestro Mateo Oliva y Manuel Cerda entre otros.
Esta versatilidad le valió en septiembre del 2007 una presentación nacional en Televisión Azteca con el Mariachi Vargas de Tecalitlán presentando su repertorio sinfónico y recibiendo un sin número de felicitaciones del público mexicano.